Чемпионат проводится ежегодно и собирает команды со всего МГУ и других московских вузов.
Матчи проходят осенью и весной на футбольных полях МГУ в формате 5+1, два тайма по 25 минут. Команды делятся на дивизионы в зависимости от уровня игры и рейтинга прошлых лет.
Кубок Ректора — это своего рода "Лига Чемпионов" МГУ-футбола, где опытные участники могут собрать команду исключительно из выпускников и выйти на одно поле с молодыми коллективами. Турнир состоит из отбора по результатам прошлых лет, группового этапа с четырьмя группами по шесть команд и плей-офф с 1/8 финала. Новички и команды, которые не достигли больших успехов, будут соревноваться в VII Малом Кубке Ректора — аналоге КР, подобном "Лиге Европы", с началом плей-офф с 1/8 финала. В МКР также будут представлены четвёртые места группового этапа Кубка Ректора.